При формировании чека для каждой позиции можно указать отдельную ставку НДС.
То есть, ряд услуг или товаров может быть с НДС 18%, ряд с любым другим.
НДС в чеке считается автоматически для каждой позиции и в итоге суммируется. Расчёт и округление происходят согласно правилам, установленным ФНС России.